Morgan vient d'emmener Lian dans une base de l'air force à distance dans le Colorado. Peu après que l'hélicoptère ait évacué la zone, le directeur du SVR Uri Gregorov indique l'entrepôt à un groupe d'intervention pour qu'ils nettoient la zone. Logan se rend compte que l'Agence ne peut faire de mal à Lian car il a réussi à trouver les fichiers de sauvegardes de Phagan. Gregorov est d'accord pour couvrir Logan et retrouver toutes les données manquantes pour l'aider dans son combat contre l'Agence aux activités obscures.

Logan, aidé d'une division du CBDC (Chemical and Biological Defense Command, Commande de défense chimique et biologique, une partie fictive de l'armée américaine) qui compte Jason Chance et Ramirez, sont en vol pour le site de Teresa. Soudain, deux F-22 abattent l'avion de transport au dessus des Montagnes Rocheuses. Logan, Chance, Ramirez, et le reste du CBDC parviennent à sauter en parachute sain et sauf, et à sauver une partie de leur équipement. Cependant les disques de données sont restés dans l'avion qui est parti se crashé quelque part dans la montagne.

Gabe arrive à combattre des espions de l'Agence pour retrouver Chance. Ce dernier lui donne le transpondeur de location de l'avion, et Gabe parvient ainsi à trouver le site du crash, et les informations vitales sur le virus du Syphon Filter dans les disques de données. Lorsque Gabe atteint l'autoroute principale, Archer arrive dans un hélicoptère d'attaque. Archer tente de tuer Gabe, ce qui cause une avalanche. Gabe en réchappe et se retrouve avec Chance sur l'autoroute. Ils se fraient un chemin parmi des soldats de l'Agence encore plus nombreux et arrivent à sauver deux officiers du CBDC, l'un d'entre eux étant Ramirez. Logan et Chance se sépare avant qu'ils atteignent un pont où Archer retrouve à nouveau Logan. Archer tire plus de missiles et détruit le pont. Une fois encore, Logan arrive à s'en sortir, et attrape au passage un train de marchandises juste en dessous du pont.

Pendant que tout ceci se produit, Lian parvient à s'échapper de la base Airforce de McKenzie. Avant qu'elle ne s'échappe, elle arrive à découvrir que Jonathan Phagan, PDG de Pharcom et un acteur intriguant de la conspiration de Syphon Filter, ont été infectés par le virus et sont toujours en vie. Cependant le directeur adjoint Dillon Morgan ordonne au docteur Elsa Weissenger, une scientifique qui a travaillé de près avec Phagan pour créer le virus, de débrancher Phagan et de retirer son plasma. Il semble que l'Agence veuille toujours le virus de Syphon Filter pour des objectifs très obscurs.

Lian s'échappe de la base dans le Black Hawk de l'Agence, et rejoint Logan, qui est actuellement sur le train. Dans l'espoir d'abattre Logan pour récupérer les disques de données, Archer vole en aval du train et fait feu sur un pont situé quelques kilomètres avant sa position, détruisant ainsi les rails. Xing doit maintenant devancer le train jusqu'au pont détruit pour sauver Logan. Xing y parvient juste à temps, et dans une scène spectaculaire, Logan saute de l'avant du train vers l'hélicoptère juste avant que le train tombe dans un ravin.

Lian emmène Gabe au lieu du crash en hélicoptère, qui est à présent dévoré par les flammes. Gabe saute en parachute juste au-dessus du site, sachant que cela serait la dernière des choses à laquelle l'équipe de choc de l'Agence au sol s'attendrait. Logan se dirige vers l'endroit où devraient se trouver les disques de données, mais Archer les a déjà récupérées. Gabe poursuit alors Archer sur le site du crash, évitant les soldats au sol destinés à le tuer. Logan arrive à toucher Archer avant qu'il ne s'échappe de la zone en hélicoptère, et parvient à retrouver les disques de données de Phagan. Lian et lui volent vers le désert de l'Arizona pour rencontrer Teresa. Gabe lui demande si des survivants ont réussi à l'atteindre, mais Teresa perd leur contact. Gabe pense qu'ils se sont perdus.

Maintenant Gabe a les disques de données, mais ils ne lui servent à rien sans les codes de cryptage. S'il veut utiliser ces disques comme monnaie d'échange contre le vaccin de Lian, il va avoir besoin de ces codes.

Heureusement, Lian a réussi à obtenir des informations clés grâce à Holman à la base, un des larbins de Morgan, ce qui les amène à croire que les codes de décryptage sont dans le centre d'exposition de Pharcom à New-York. Gabe se faufile secrètement dans le centre d'expo de Pharcom (de nouveau) et découvre que l'Agence en train d'effacer ses traces. Après s'être battu à l'arme à feu dans le centre d'expo, Logan réussi à s'enfermer avec Dillon Morgan qui possède les codes de décryptage. C'est là que le complot prend de l'ampleur pour Teresa et Gabe : ils apprennent que Morgan a entièrement piégé le bâtiment avec des explosifs. Il porte aussi sur lui un déclencheur post-mortem qui fera exploser tout le bâtiment si Gabe le tue avant que Teresa n'ait désamorcé les explosifs. Le bâtiment serait alors réduit à un tas de décombres fumants. Une fois que Teresa réussit à désamorcer les explosifs, Logan tue Morgan et retrouve les codes de décryptage.

Lorsque les données des disques cryptés sont analysés, il en ressort qu'ils sont incomplets et qu'il y a un second disque crypté. Lian comprend alors qu'il est possible que Uri Gregorov ait le second disque et qu'ils ont besoin de se rendre à Moscou pour le rencontrer. Un rendez-vous est planifié dans une boîte à Moscou, et Lian rentre à l'intérieur de celle-ci pour trouver Gregorov sur la piste de danse. A ce moment, elle s'aperçoit que tout avez été planifié par Mara Aramov. Avant qu'Aramov ne parvienne à tuer Lian Xing, les voyous d'Aramov débarquent de toute part et commence une grosse fusillade. Tandis que Lian s'efforce de repousser les agents corrompus, Gregorov en profite pour sortir et s'enfuir dans les rues de Moscou. Lian se fraie un chemin et sort de la boîte par la fenêtre des toilettes où elle voit Gregorov courir dans la rue devant elle.

Alors que Lian ne comprend pas pourquoi Gregorov cours pour s'enfuir et lui tire dessus, elle le poursuit dans les rues dans l'espoir d'obtenir une réponse de sa part. Tout en continuant la poursuite, Gregorov tente de perdre Lian dans le brouillard et l'obscurité du Parc Volkov. Cependant Lian reste à ses trousses et le coince finalement à côté d'une statue éclairée. A présent, un autre défi se présente à Lian : le neutraliser sans le tuer pour l'interroger. Finalement Lian tire sur toutes les lumières, plongeant toute la zone dans le noir. Elle parvient à se faufiler derrière lui et à le neutraliser à l'aide d'un Taser non létal. Après que Gregorov ait été rendu inoffensif, plusieurs officiers du SVR l'emmènent ainsi que Lian, Logan et Teresa au QG du SVR.

On leur révèle que Gregorov est en fait un imposteur, et que le vrai Gregorov est en fait retenu dans la prison d'Aljir, située dans une région éloignée de la Russie. Nos héros apprennent aussi que le SVR, et avant la chute de l'Union Soviétique le KGB, a annoncé la connaissance d'un consortium international d'armement qui a vendu des armes à de multiples factions, des groupes terroristes, et toutes sortes d'autres organisations surpassant de loin le scandale de l'Iran-Contra durant l'administration de Reagan. Il est aussi révélé à Logan, Xing et Lipan que ce consortium est en fait l'Agence elle-même, et qu'ils sont actuellement en train d'essayer de vendre le virus de Syphon Filter à un général chinois criminel tentant de mener une rébellion dans la province de Hielongjiang, un conflit qui fera réagir sans aucun doute l'armée russe, étant donné que cette région est contestée par la Russie et la République populaire de Chine depuis des années.

Lian, qui y avait été emprisonnée auparavant pendant ses activités pour les services secrets chinois, est la seule qui connaisse la configuration interne de la prison, et malgré son état de santé, elle s'y rend pour sauver Gregorov de son exécution planifiée. Elle sabote le système électrique pour gagner un peu de temps, mais elle n'avait pas prévu les effets secondaires de ses agissements. Comme la sécurité est désactivée, les prisonniers peuvent s'évader, ce qui cause une mutinerie général dans la prison.

Lian se fraie un chemin jusqu'à la salle d'exécution, où elle voit Aramov en train de s'enfuir. Elle libère Gregorov de la chaîse électrique seulement quelques secondes avant que le courant ne revienne. Lian et Gregorov discutent d'Aramov. Ils ne comprennent pas pourquoi elle a tué tous les gardes entourant la prison, et pourquoi elle a laissé Lian en vie alors qu'elle avait la possibilité de la tuer (surtout quand on sait que la plupart des actions d'Aramov envers Lian et Gabe ont été hostiles). Ensemble, ils se battent pour atteindre le mur de la prison, et dans le feu de l'action, ils sautent par-dessus le mur pour tomber dans les eaux glaciales où Gabe et Lawrence les attendent pour les récupérer. Maintenant qu'ils ont les disques de données et les codes de cryptage, Logan va tenter d'utiliser cette puissante monnaie d'échange pour obtenir le vaccin contre le virus. Lian s'évanouie alors qu'elle essaie de reprendre son souffle.

De retour en sécurité à la résidence de Mujari, Lawrence parvient à stabiliser l'état de santé de Lian grâce à ses connaissances médicales, faisant gagner ainsi à Gabe un temps considérable, alors qu'il est en train de planifier un marché avec Lyle Stevens, le commandant de l'Agence.

Gabe contacte Stevens, et arrange un rendez-vous dans le laboratoire de l'Agence à New-York. A l'entrée du complexe, Gabe est soumis au Dr. Wessinger qui le met hors d'état de nuire grâce à un somnifère. Il est préparé dans un laboratoire à être tué par un scientifique, mais il réussi à tué ce dernier avec une fausse dent expulsant un gaz toxique.

Gabe est seul dans le laboratoire (situé à une centaine de mètres sous terre). A son réveil, il est désarmé mais parvient à trouver un couteau. Il revêtit un uniforme de scientifique pour se déplacer dans le laboratoire sans trop attirer l'attention. Il retrouve finalement ses forces, et découvre que Ramirez a réussi à sortir sain et sauf de la montagne. Gabe le trouve dans une cellule, et apprend que Chance est lui aussi en vie quelque part dans le complexe. Gabe lui dit qu'il lui enverra Chance le libérer.

Gabe trouve effectivement Chance et le libère, lui donnant une arme et les coordonnées de son hélicoptère sur le toit d'un garage. Il continue et localise Wessinger. Il la suit, éliminant deux de ses collègues scientifiques. Gabe se confronte finalement à elle et lui demande le vaccin. Elle lui donne, mais réussit à le distraire et à s'échapper en courant pour aller déclenche l'alarme et mettre tout le bâtiment en alerte rouge.

Toutes les zones sont maintenant verrouillées, et des soldats de l'Agence avec des armures blindées fourmillent autour de lui. Gabe arrive à s'en débarrasser de quelques uns avec des explosifs. Il contourne les verrouillages en se faufilant dans les conduits d'aération. L'un d'entre eux mène à la cellule de Ramirez, où Gabe le trouve mort. Il peste contre Chance, se demandant où est-il passé.

Gabe sort du laboratoire en grimpant jusqu'à la surface à l'aide du câble de l'ascenseur. Teresa le contact, lui disant que des membres du SWAT sont présents partout dans la ville. Il refuse qu'elle descende le récupérer, disant que Chance pourrait encore se présenter. Gabe progresse dans la ville, éliminant des soldats de l'Agence et évitant ceux du SWAT. Gabe se fraie un chemin jusqu'à une terrasse d'un appartement où il aide un officier féminin du SWAT à débusquer deux tireurs d'élites qui ont coincé son coéquipier. Ils arrivent jusqu'à ce dernier mais elle tente d'arrêter Gabe. Gabe s'évade, et élimine le tireur d'élite restant. Puis il demande à Teresa des nouvelles de Chance, elle lui répond qu'il ne s'est pas montré. Gabe suppose qu'il est mort. Il exprime sa tristesse pour Chance et dit qu'il est désolé.

Gabe redescend et trouve Stevens tenant la femme du SWAT en otage. Stevens lui dit de jeter son arme, et c'est ce qu'il fait. Stevens assassine l'officier. Stevens est sur le point de descendre Logan, lorsqu'une explosion juste en dessous envoie Gabe dans les égouts.

C'était Teresa qui essayait son C4, apparemment juste au bon moment. Comme Gabe a perdu ses armes dans l'explosion, Teresa lui donne un 45. Tout deux se battent contre des dizaines de soldats de l'Agence.

Ils arrivent alors dans un parking à étages et se confrontent à Stevens qui les attend avec ses hommes. Ils descendent ses hommes, mais Stevens s'enfuit vers les étages supérieurs. Gabe emprunte les escaliers et Teresa les rampes. Teresa le trouve, le poursuit tout en continuant l'ascension dans les étages puis elle retrouve Logan et ils le coincent ensemble. Après qu'il ait dit quelques remarques ironiques insultantes ; Gabe le tue finalement.

Teresa pense que c'est la fin pour l'Agence, mais Gabe en doute. Tous deux vont vers l'hélicoptère, et sont effrayés en retrouvant Chance qui a revêtit une armure qui protège complètement son corps. Ce dernier pointe une arme vers Gabe, mais Teresa pousse Gabe pour le protéger. Elle tire quelques balles, mais elles rebondissent tout bonnement sur l'armure. Chance tire à son tour et tue Teresa.

Gabe dégaine son arme et les deux sont à égalité. Gabe réalise :
"Au Colorado, l'Agence semblait à chaque savoir ce que j'avais l'intention de faire. Notre itinéraire pour descendre de la montagne, ma position sur l'autoroute, le train. Dans le labo, tu portais une blouse pour qu'il puissent t'enfermer avec moi au cas où leur drogue n'aurait pas marché." Chance lui rétorque :
"Je n'ai fais que mon boulot, Logan, rien de plus."
Logan réplique :
"Ton boulot ?! Les hommes sous tes ordres étaient prêt à risquer leur vie pour toi !"
Chance dit :
"J'ai éliminé des cibles inutiles dans l'exercice de mon devoir."

Logan qui en a entendu assez repousse son arme et donne un coup de pied dans la tête de Chance. Puis ce dernier lance un gaz à l'aide de son UAS-12. Grâce à son armure corporelle en Kevlar, il est même protégé des grenades. Chance lui lance des insultes ironiques, il lui avoue que c'est lui qui a tué Ramirez. Il lui dit aussi ceci :
"T'étais le meilleur Logan, mais t'as eu la mauvaise idée de t'enticher de ta partenaire".

Logan trouve lui aussi un fusil-à-pompe et tout en évitant les tirs de Chance, il lui tire dessus. L'arme est si puissante que même avec l'armure, elle le fait reculer d'un ou deux mètres. Il utilise cet avantage de l'arme pour faire reculer Chance dans l'hélice arrière de l'hélicoptère et le réduire ainsi en morceaux. Après avoir tué Chance, Gabe retourne vers le corps de Teresa et lui dit calmement qu'il est désolé.

Logan, Mujari et Lian sont en sécurité dans le cimetière de la maison, assistant aux funérailles de Teresa. Lian se sent coupable de la mort de Teresa. Cependant Gabe lui dit :
"Teresa est morte comme elle a vécu, en se battant pour ses convictions."
Mujari ajoute :
"De toute façon, vous n'auriez pas pu l'en empêcher, personne n'y ait jamais arrivé."
Lian continue de s'en vouloir, Gabe lui dit de se battre et de ne pas baisser les bras et que ce n'est pas encore terminé.

A la fin, on voit une opération militaire dans les bois à quelques kilomètres de la maison de Mujari. Un UH-60 atterrit, puis Aramov et un personnage mystérieux apparaît. Les soldats disent qu'ils ont prêt à intervenir, mais l'homme mystérieux dit non, et qu'ils finiront cette mission un autre jour. L'homme se révèle être le secrétaire d'état Vincent Hadden. Aramov proteste, en disant qu'avec les attirances de l'administration, Hadden devrait président et qu'il pourrait en finir. Hadden dit non et qu'il a d'autres plans pour Logan. Mara rit.